Правительства, ученые и исследовательские институты используют технологии и инновации для борьбы с COVID-19.
Были разработаны инструменты с открытым исходным кодом, и некоторые из них продолжают тестироваться для поддержки усилий, направленных на минимизацию последствий этого смертельного вируса.
Ряд инструментов с открытым исходным кодом уже существует, помогая исследователям узнавать о болезни, выявлять распространение, предотвращать распространение и сводить к минимуму дальнейшее распространение и смертность. Ряд проектов доступен на Экосистема образования который описывает, как использовать различные инструменты.
В этой статье рассматриваются некоторые инструменты и библиотеки с открытым исходным кодом, которые используются для мониторинга, предотвращения и локализации, диагностики и лечения COVID-19.
Оглавление
Карта отслеживания COVID-19
В январе Центр системных наук и инженерии JHU запустил Глобальная карта отслеживания COVID-19 который быстро стал надежным международным источником данных о развивающейся пандемии в режиме реального времени.
Карта имеет открытый исходный код и используется ведущими СМИ, небольшими организациями и местными органами власти для проведения исследований и визуализации.
DXY-COVID-19-Краулер
DXY-COVID-19-Crawler — один из первых проектов с открытым исходным кодом, разработанных для реагирования на COVID-19 в январе.
Разработчики использовали данные сайта DXY.cn, который использовался китайскими практикующими врачами для регистрации и отслеживания случаев заболевания. Они разработали поисковый робот, который собирал данные с сайта и делал их доступными через API и хранилище данных. Код доступен на Гитхаб.
Комплект открытых данных
Комплект открытых данных (ODK) не новый инструмент. Ранее он применялся во время вспышек лихорадки Эбола в Западной Африке в 2004 году и во время недавней вспышки в Демократической Республике Конго в 2019 году.
В основном это помогает пользователям собирать, управлять и использовать данные для отслеживания контактов, стратегического картирования, поддержки принятия решений, информирования сообщества и управления делами.
Сообщество ODK расширило свое использование в ответ на COVID-19, предоставив форму отчетности в своих развертываниях. Форма разработана в соответствии с протоколом Всемирной организации здравоохранения по расследованию случаев, отслеживанию контактов и расследованию.
Ведущие разработчики также предлагают бесплатную поддержку любой организации, развернувшей ODK в ответ на COVID-19.
Следующий штамм
Следующий штамм отслеживает эволюцию возбудителей. Ранее он использовался для изучения семейного анамнеза заболевания, что позволяло прогнозировать прогрессирование заболевания.
Он успешно применялся при предыдущих эпидемиях, таких как лихорадка Эбола. Благодаря генетическим данным Глобальной инициативы по обмену всеми данными о гриппе (Gisaid) Nextxtrain используется для борьбы с COVID-19.
DHIS2
Вы, наверное, уже знаете DHIS2. Это крупнейшая в мире система управления медицинской информацией. Его используют более чем в 70 странах. В рамках реагирования на COVID-19 DHIS2 выпустила пакет цифровых данных, который ускоряет обнаружение инфекции, отчетность, наблюдение и лечение заболевания.
Пакет цифровых данных DHIS2 использует стандартные метаданные, согласованные с протоколом ВОЗ по определению случая COVID-19 и эпиднадзору, чтобы обеспечить быстрое развертывание и реагирование.
Пикобар Западная Ява
Информационно-координационный центр Индонезии по болезням и стихийным бедствиям — это центр кризисного реагирования, созданный для смягчения последствий и реагирования на COVID-19 в провинции Западная Ява в Индонезии.
Цифровая служба Jabar в рамках реагирования разработала веб-инструмент и приложение с открытым исходным кодом что позволяет пользователям получать доступ к последним данным о COVID-19.
OpenMRS
OpenMRS — это система ухода за пациентами, используемая во многих развивающихся странах мира. Благодаря гибкости Система OpenMRSстраны, ресурсы здравоохранения которых были ограничены, могут использовать его для эпиднадзора, скрининга и лечения COVID-19.
Система может помочь им расширить свои возможности, предоставив им доступ к научно обоснованной информации о том, как справиться с кризисом.
OpenLMIS
Проект OpenLMIS использует тактику, ориентированную на сообщество, для разработки открытой и настраиваемой информационной системы управления логистикой. Система OpenLMIS стремится повысить точность данных, повысить подотчетность, улучшить своевременность данных и наглядность.
Система OpenLMIS направлена на улучшение цепочек поставок в области здравоохранения, инвентаризации медицинских ресурсов, чтобы обеспечить четкое представление о доступных медицинских материалах, включая тестовые наборы и СИЗ (средства индивидуальной защиты). Этот инструмент можно эффективно использовать для поддержки лиц, принимающих решения, в распределении ресурсов в ответ на COVID-19.
Сайты здоровья
Глобальный картографический проект Healthsites это проект, направленный на картографирование каждого медицинского учреждения в мире и обеспечение легкого доступа к подробной информации о каждой больнице. Данные о медицинских учреждениях стали доступны через API.
Сотрудничая с пользователями, команда healthsites.io собирает и проверяет местоположение и контактные данные каждого медицинского учреждения и делает данные свободно доступными и доступными через лицензию Open Data.
СОРМАС
СОРМАС (Система управления и анализа реагирования на вспышки эпиднадзора) — мобильная система электронного здравоохранения с открытым исходным кодом. Он был развернут для осуществления контроля заболеваний, а также процедур управления вспышками.
Он был эффективно развернут в нескольких странах, включая Гану, Нигерию, Непал и Фиджи, для эпиднадзора за COVID-19 и раннего выявления.
SORMAS — это бесплатная система с открытым исходным кодом, соответствующая стандартам защиты данных.
Токио COVID-19
В отличие от многих других городов и правительств, Токийское столичное правительство разработала веб-сайт с открытым исходным кодом, который информирует своих жителей о COVID-19. Сделав его открытым исходным кодом, сайт увидел сообщения от более чем 200 пользователей. Три других города, Тиба, Нагано и Фукуока, воссоздали веб-сайт.
ОпенЭЛИС
Цель Система здоровья OpenELIS заключается в улучшении здравоохранения путем предоставления прогрессивной, основанной на стандартах системы управления лабораторной информацией, которая может использоваться различными инициативами в области здравоохранения для улучшения вариантов лечения.
Вспышка COVID-19 создала глобальную проблему отслеживания контактов и массового тестирования подозрительных случаев. Систему OpenELIS можно эффективно использовать для борьбы с COVID-19, чтобы облегчить отслеживание лабораторных тестов и результатов.
Инструментарий общественного здравоохранения представляет собой набор инструментов с открытым исходным кодом, а также ресурсов с открытым доступом, предназначенных для создания и развертывания цифровых инструментов для использования в инициативах общественного здравоохранения в труднодоступных областях.
Сообщество разработчиков Community Health Toolkit мобилизовалось для разработки инструментов и ресурсов, направленных на поддержку местных медицинских работников в борьбе с COVID-19.
ЗВОНОК
Модель воздействия COVID-19 на эпидемии больниц (CHIME) — это приложение с открытым исходным кодом, разработанное учеными из Пенсильванского медицинского университета Пенсильвании. Это онлайн-инструмент, который позволяет больницам прогнозировать воздействие вируса на ресурсы здравоохранения.
Он разработан с использованием Python и зависимости с открытым исходным кодом pandas.
Карта ухода за COVID
Карта ухода за COVID помогает в картировании уже существующих ресурсов здравоохранения и в прогнозировании нехватки больничных коек, аппаратов ИВЛ, предметов медицинского назначения и персонала. Все методы, инструменты обработки данных, визуализации и исходный код бесплатны и имеют открытый исходный код.
Проект COVID Care Map направлен на то, чтобы предвидеть и действовать, чтобы заручиться поддержкой для эффективного лечения быстро растущего числа инфекций COVID-19 и тех, кто нуждается в интенсивной терапии.
Locale.ai
Locale.ai разработала интерактивную визуализацию с открытым исходным кодом всех подтвержденных случаев COVID-19 по всему миру. Он запрашивает набор данных с открытым исходным кодом из Университета Джона Хопкинса.
Locale.ai разработал Веб-сайт визуализации COVID-19 с помощью Vue.js, популярного фреймворка, позволяющего разработчикам создавать современные веб-приложения.
COVID-19 по всему миру
Это приложение использует визуализацию карты для отслеживания распространения COVID-19, подтвержденных случаев и развития болезни по всему миру. Он использует данные CSSE Джона Хопкинса.
Коронавирусный трекер
Это приложение Shiny, разработанное Джоном Коэном. Он отслеживает распространение COVID-19, используя данные John Hopkins, DXY и Weixin. Приложение показывает количество подозреваемых, подтвержденных и выздоровевших случаев по времени и региону. Код доступен на Гитхаб.
Глобальные случаи COVID-19
Глобальные случаи COVID-19 это приложение Shiny, разработанное Кристофом Шёненбергером, которое показывает развитие COVID-19 на карте, графиках, сводных таблицах и рисунках. Его код доступен на Github.
Правительства и COVID-19
Это блестящее приложение, разработанное Себастьян Энгель-Вольф. Он отображает экспоненциальный рост COVID-19, дни до двойного заражения, подтвержденные случаи, уровень смертности и количество подтвержденных случаев на 100 000 человек в разных регионах. Код доступен на Github.
Подведение итогов
Сообщество open-source быстро и эффективно отреагировало на пандемию COVID-19. Многие проекты были построены и продолжают строиться для борьбы с распространением болезни. В этой статье описаны некоторые проекты. По-прежнему неясно, как болезнь будет прогрессировать в ближайшие недели. Больше проектов, которые могут использовать существующие технологии с открытым исходным кодом, найдут место в борьбе с этой смертельной болезнью.
Оставайтесь в безопасности!
Статья доктора Майкла Дж. Гарбейда, генерального директора Education Ecosystem